یکی از چالش‌های اصلی هر کارخانه حفظ کیفیت تولید محصولات در گذر زمان و ارتقای همیشگی سطح کیفی آن است. کارخانه‌هایی که تنوع محصولات و کمیت تولید آنها بالا باشد، برای غلبه بر این چالش کار سخت‌تری دارند. شرکت تولیدی آرد خوشه فارس اکنون تولیدکننده‌ی سی‌وپنج نوع مختلف از آردهای تخصصی در حجم وسیع است و این محصولات را در بیست‌وچهار استان کشور روزانه توزیع می‌کند. این دستاورد بدون جلب اطمینان مشتریان عمده و خرده‌ی شرکت هرگز میسر نبود. مشتریان آرد خوشه به این دلیل به محصولات ما اعتماد دارند که سطح کیفی آردهای تولیدی ما همواره مطلوب بوده است.
مطلوبیت محصولات خوشه‌ی فارس و کیفیت برتر آن مرهون فعالیت‌های دقیق واحد کنترل کیفی کارخانه است. واحد کنترل کیفیت خوشه‌ی فارس صاحب آزمایشگاهی پیشرفته است که همه‌ي محصولات کارخانه را با بهترین تجهیزات از جنبه‌های گوناگون آزمایش و آنالیز می‌کند و نتیجه را مستقیماً به دست مشتریان می‌رساند. حفظ روند موفقیت‌آمیز کنترل کیفی در کارخانه دلیلی ندارد به جز تلاش بی‌دریغ پرسنل کارآمد و متعهد این واحد.
واحد کنترل کیفیت در دو مرحله روزامد و تجهیز شده است که بار نخست آن در سال ۱۳۶۱ و بار دوم در سال ۱۳۹۷ بوده است. حتی پیش از به‌روزرسانی دوم هم شرکت خوشه‌ی فارس به عنوان یکی از اولین‌های صنعت آرد موفق شد نشان تشویقی استاندارد ملی کشور را در سال ۱۳۶۹ به دست بیاورد. امروز سال‌هاست که واحد کنترل کیفی خوشه‌ی فارس آزمایشگاه مرجع آنالیز کامل آرد و گندم در کشور به شمار می‌رود.
مشتریان محصولات خوشه‌ی فارس می‌توانند پیش از سفارش محصول از آنالیز علمی آن آگاه شوند. برای این کار، واحد کنترل کیفیت خوشه‌ی فارس آزمون‌های فیزیکی، شیمیایی، میکروبی و رئولوژیکی لازم را مطابق با استاندارد ملی و بین المللی بر محصولات تولیدی خود انجام می‌دهد و گواهی کیفی و آنالیز علمی محصولات خود را به مشتریان ارائه می‌دهد تا از کیفیت آرد مورد نظر و کیفیت محصول نهایی، پیش از استفاده اطلاع یابند.